Хотя большая часть Западно-Сибирской ж.д. расположена на равнинной местности, но в Кемеровской области и на востоке Алтайского края ее ответвления проложены по отрогам Алтайских гор и Кузнецкого Алатау.
На Западно-Сибирской железной дороге построено 3 тоннеля. Статья о тоннелях: Тоннели ЗСЖД и карта расположения тоннелей.