Станция возникла при строительстве Транссибирской магистрали. Ее рельсы пересекли два рядом расположенных села: Алексеевское и Романовское, которые позже были объединены и переименованы, получив одно для железнодорожной станции название - сначала разъезд Алексеевский, а затем и последнее название - Мошково.
В 1962 году из Мошково была построена ветка для нужд лесообрабатывающего комбината в селе Ташара, расположенном на берегу р.Обь. Эта ветка длиной 32 км просуществовала 40 лет и была разобрана в 2002 году.
В 2001 году в Мошково был построен современный красивый вокзал, который теперь совмещает и функции автовокзала (до 2008г, сейчас автовокзал
убрали).
Начальником станции сейчас (2008г.) работает Усольцев Степан Михайлович. Начинал он с дежурного, потом был помошником начальника станции, а в сентябре 1999 года был утвержден начальником станции. Станция большая, от входного светофора до выходного - два с половиной километра, 16 километров подъездных путей, а Усольцев любит все проверить сам, поэтому не засиживается в кабинете. Да и рабочий день у него частенько начинается раньше положенного, а кончается позже на 2-3 часа.
В 2007 году на привокзальной площади была установлена памятная стелла в честь присвоения площади имени Аксененко Николая Емельяновича - бывшему министром МПС РФ с 1997 по 2002 год, нашему земляку (родился в деревне Новоалександровка, Болотнинского района).